奧塔哥大學是新西蘭兩個最大的研究機構之一(2006年科學技術研究部報告)，也是新西蘭研究類排名列居首位的大學(2006年度研究成果基金會的質量評定)。在新西蘭大學的專業排名中，奧塔哥大學擁有最多排名第一的專業：生物醫學、臨床醫學、地球科學、經濟學、教育學、英語語言和文化、歷史和經典、法學、哲學、公共衛生、宗教研究和神學、體育和運動科學。其中，醫學專業聞名全世界。

　　奧塔哥大學的大部分研究主題集中于健康科學，包括：哮喘和呼吸障礙、心血管內分泌學、功能基因組學，基因表達和蛋白質組學、免疫學的基礎疾病和免疫保護、神經系統的結構和功能、口腔微生物學及牙齒健康、健康和疾病的氧化應激、公眾健康、制定和給藥、病毒學。其中許多研究項目處于世界領先水平。

　　奧塔哥大學憑借良好的學術聲譽和顯著的科研優勢吸引了海內外眾多才華橫溢的學子齊聚于此。奧塔哥大學還與亞洲、歐洲和美洲的多所知名學府之間保持著廣泛深入的學術往來和生源交流。