林肯大學共有16個核心研究課題，涉及從動物研究、食品研究到生態學和旅游學的廣泛領域。林肯大學在商業、管理、科學、初級生產、環境管理和旅游方面擁有學科優勢。坐落在林肯大學的“國家高級生物保護中心”，是新西蘭政府特別資助的7個優秀科研中心（Centres of Research Excellence）之一，擁有世界一流的科研設備。該中心由新西蘭一流的植物保護專家建立，在生物安全、害蟲防制和其他方面進行研究。研究的課題還包括高級農業生物技術。
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